ശ്രീചക്രപൂജ വളരെയേറെ രഹസ്യമാണ്. അതിനാൽ ബാലാമന്ത്രമെങ്കിലും ഉപദേശമായി ലഭിച്ച് സാധന ചെയ്യുന്നവർക്ക് മാത്രമേ മണ്ഡലത്തിൽ പ്രവേശനം പാടുള്ളു. ഈ പൂജ ഒരിക്കലും പരസ്യമായി ചെയ്യേണ്ടതല്ല.
" രഹോയാഗക്ര മാരാദ്ധ്യാ രഹസ്‌തർപ്പണ തർപ്പിതാ"
എന്നൊക്കെ പ്രമാണമുണ്ടല്ലോ. മകാരങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ടുള്ള പൂജ രഹസ്യമായി ചെയ്യണമെന്നും അത് പ്രകടമാക്കിയാൽ;നരകമാണ് ഫലമെന്നും ശ്രീപരശുരാമകല്പസൂത്രത്തിലും പ്രസ്താവിച്ചിരിക്കുന്നു. അതിനാൽ ശ്രീചക്രപൂജ വളരെ രഹസ്യമായ സാധന തന്നെയാണ്. ഒരു സാധകൻ ബാഹ്യപ്രകടനത്തിൽ വൈഷ്ണവനായും അനുഷ്ഠാനപരമായി ശൈവനായും ഉള്ളിന്റെയുള്ളിൽ സാധനാപരമായി ശാക്തനുമായിരിക്കണമെന്ന് വിഷ്ണുയാമളത്തിൽ പ്രതിപാദിക്കുന്നതും ഈ സമ്പ്രദായത്തിന്റെ രഹസ്യാത്മകതയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നതാകുന്നു.
