ബ്രഹ്മാണ്ഡത്തെയും പിണ്ഡാണ്ഡസ്വരൂപമായ ശരീരത്തെയും പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ഒരു യന്ത്രമാണ് ശ്രീചക്രം. ബ്രഹ്മാണ്ഡപിണ്ഡാണ്ഡ ഐക്യാനുസന്ധാനത്തിലൂടെ ജീവ ബ്രഹ്മ ഐക്യാനുസന്ധാനം എന്നതാണ് ശ്രീചക്രപൂജയുടെ ലക്ഷ്യം.
ശിവാത്മകമായ നാല് ത്രികോണങ്ങൾ ഊർദ്ധ്വമുഖമായ ശക്ത്യാത്മമായ അഞ്ച് ത്രികോണങ്ങൾ അധോമുഖമായും കൂടിച്ചേർന്ന നവയോനീചക്രമാണിത്. ഇങ്ങനെ കൂടിച്ചേരുമ്പോൾ നാൽപ്പത്തിമൂന്ന് ത്രികോണങ്ങൾ ഉണ്ടാകുന്നു. മൂലത്രികോണമധ്യത്തിൽ ബിന്ദുവും ചേർന്നാൽ നാൽപ്പത്തിനാലായി. ത്രികോണങ്ങൾക്ക് പുറത്തായി അഷ്ടദളം, ഷോഡശദളം, വൃത്തത്രയം, ഭൂപുരത്രയം എന്നിവയും ചേർന്ന ശ്രീചക്രം, മനുഷ്യശരീരത്തിന്റെ തനിപ്പകർപ്പാണ്. എങ്ങനെയെന്നാൽ ശ്രീചക്രത്തിലെ ബിന്ദു ബ്രഹ്മരന്ധ്രവും മൂലത്രികോണം മസ്തകവും, അഷ്ടാരം ലലാടവും അന്തർദശാരം ഭ്രൂമധ്യവും, ബഹിർദശാരം വിശുദ്ധിചക്രവും, ചതുർദശാരം അനാഹതപത്മാവുമാകുന്നു. അഷ്ടദളം മണിപൂരകചക്രവും, ഷോഡശദളം സ്വാധിഷ്ഠാനവുമാകുന്നു. മൂലാധാരത്തിൽ നിന്ന് പാദങ്ങൾവളരെയുള്ള ഭാഗം ഭൂപുരത്രയങ്ങളുമാകുന്നു. ഒരു സാധകശരീരത്തിന്റെ പകർപ്പായ ശ്രീചക്രത്തിൽ ധ്യാനിക്കുമ്പോൾ സ്വന്തം ശരീരസ്ഥിതമായ ജീവശക്തി ഉണർന്ന് പരമശിവനുമായി സംയോഗം പ്രാപിക്കുന്നു. അതിനുള്ള ഉപാധിയാണ് ശ്രീചക്രം.
മറ്റൊരു പ്രമാണമനുസരിച്ച് ഭൂപരത്രയം, ഷോഡശദളം, അഷ്ടദളം എന്നിവ ക്രമേണ ജാഗ്രദവസ്ഥ, സ്വപ്നാവസ്ഥ, സുഷുപ്തി അവസ്ഥ എന്നിവയാകുന്നു. ജാഗ്രദവസ്ഥയിൽ അഭിമാനിക്കുന്ന ജീവൻ വിശ്വനും, സ്വപ്നാവസ്ഥയിൽ അഭിമാനിക്കുന്ന ജീവൻ തൈജസനും, സുഷുപ്തി അവസ്ഥയിൽ അഭിമാനിക്കുന്ന ജീവൻ പ്രാജ്ഞനുമാകുന്നു. ഈ തത്വങ്ങളാണ് ഇവിടെ വിവക്ഷിക്കപ്പെട്ടിട്ടുള്ളത്. അതിന് മുകളിലുള്ള ചതുർദശാരം ഈശ്വരീയസ്ഥാനമാകുന്നു. അതായത് തുരീയഭാവത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ബഹിർദ ശാരംകൊണ്ട് ഗുരൂപസദനം ലക്ഷ്യമാക്കുന്നു. അന്തർ ദശാരം ശ്രവണവും, അഷ്ടാരം മനനവും, ത്രികോണം നിദിദ്ധ്യാസനവുമായി സൂചിപ്പിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ബിന്ദുവാകട്ടെ ജീവ ബ്രഹ്മ ഐക്യസ്വരൂപവുമാകുന്നു. ഇങ്ങനെ നോക്കുമ്പോൾ കേവല ബ്രഹ്മാനന്ദ അനുഭൂതി തന്നെയാണ് ശ്രീചക്രപൂജയുടെ ലക്ഷ്യമായി പറയപ്പെടുന്നത്.
ഭാവനോപനിഷത്ത് പ്രതിപാദ്യമനുസരിച്ച് ശ്രീചക്രത്തിലെ ഒമ്പത് ആവരണങ്ങളും അതിന്റെ ദേവതകളും വിഭിന്ന ശരീരധർമ്മങ്ങളുമായി അഭേദം കല്പിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. അവസാനം നിരുപാധികസംവിത് തന്നെയാണ് കാമേശ്വരനെന്നും സദാനന്ദ പൂർണ്ണമായ ആത്മാവാണ് ശ്രീലളിതാ പരമേശ്വരി എന്നും സമർത്ഥിച്ചിരിക്കുന്നു. അതിനാൽ ശ്രീചക്രോപാസനയുടെ ലക്ഷ്യഭൂതമായിരിക്കുന്നത് അദ്വൈതാനുഭൂതി തന്നെയാണ്.