പുതിയതായി നിര്മ്മിച്ചിട്ടുള്ള വിഗ്രഹങ്ങള്ക്ക് പ്രതിഷ്ഠിക്കുന്നതിനുമുമ്പ് ജലാധിവാസം തുടങ്ങിയ പല ക്രിയകളും ചെയ്തു ചൈതന്യമുണ്ടാക്കുന്നതുപോലെ, യന്ത്രമെഴുതിക്കഴിഞ്ഞാല് അത് ശരീരത്തില് ധരിക്കുന്നതിനുമുമ്പ്, യന്ത്രത്തിനും പല ക്രിയകളും ചെയ്തു സംശുദ്ധമാക്കി ചൈതന്യമുണ്ടാക്കാറുണ്ട്. അങ്ങനെ ചെയ്യുന്ന ക്രിയകളെയാണ് "യന്ത്രസംസ്കാരം" എന്ന് പറയുന്നത്.
ഒരു ദിവസം മുഴുവന് വെള്ളത്തിലിടണം. അതിനു ജലാധിവാസം എന്നാണ് പറയുന്നത്. പിന്നീട് അതെടുത്ത് പുറ്റുമണ്ണുതേച്ച് സൂക്ഷിച്ചു കഴുകുക. അതുകഴിഞ്ഞ് നാല്പാമരാപൊടി തേച്ചു കഴുകുക. അതിനുശേഷം പുണ്യാഹമന്ത്രം ജപിച്ച വെള്ളം തളിച്ച് ശുദ്ധിവരുത്തണം. ഇത്രയും കഴിഞ്ഞാല് ശുദ്ധജലമോ പഞ്ചഗവ്യമോ നിറച്ച കുടം (കലശം) പൂജിച്ച് യന്ത്രത്തിന്മേല് ആടുക (ഒഴിക്കുക). പിന്നെ യന്ത്രമൂര്ത്തിയെ (ഏത് ദേവനെ (ദേവിയെ)ക്കുറിച്ചുള്ള യന്ത്രമാണോ ആ മൂര്ത്തിയെ) ആവാഹിച്ച് ഭക്തിപൂര്വ്വം പൂജ നടത്തണം. പ്രാണപ്രതിഷ്ഠാമന്ത്രങ്ങളും ആ സന്ദര്ഭത്തില്, യന്ത്രം തൊട്ടുജപിക്കേണ്ടതാണ്. അതാതു മൂര്ത്തിയുടെ മൂലമന്ത്രവും യന്ത്രം സ്പര്ശിച്ചുകൊണ്ട് ജപിയ്ക്കണം. ചുരുങ്ങിയത് 108 ഉരു. ആ സംഖ്യയുടെ കാല് ഭാഗം (27 തവണ) കൊണ്ട് നെയ്യ് ജപിച്ച് അഗ്നിയില് ഹോമിക്കുകയും ചെയ്യണം. ഇത്രയും ചെയ്തതിനുശേഷം യന്ത്രം ശരീരത്തില് ധരിക്കുകയോ മണ്ണില് കുഴിച്ചിടുക (സ്ഥാപിക്കുക) ചെയ്യാവുന്നതാകുന്നു.